学院成立于1949年11月22日，是经毛泽东主席亲自批准成立的新中国第一所正规高等军事院校，时称“海军学校”，1952年更名为“第一海军学校”，1957年更名为“海军指挥学校”，1984年在全军率先实行“通科育通才”教学改革，1986年更名为“海军大连舰艇学院”。1999年，原海军政治学院并入成立政治系。2013年被确定为全军“2110工程”重点建设院校。
学院定位为海军兵种指挥类高等教育院校，主要面向海军水面舰艇部队培养军政指挥军官，同时培养海洋水文与测绘类技术军官。主要承担水面舰艇生长军官培训、现职军官培训，以及研究生教育，士官培训，外军留学生培训等任务。学院目前拥有5个博士后流动站，1个博士学位授权点，9个硕士学位授权点，是目前世界唯一的国际海道测量师、海图制图师“双a级”培训单位。2011年，学院被确定为全军首批中外学员同班施训试点院校。
学院教学师资力量雄厚。拥有国家“万人计划”教学名师1人，全国优秀教师1人，军队科技领军人才1人，军队学科拔尖人才3人，军队拔尖人才培养对象2人，全军优秀教师7人，享受政府特殊津贴60余人，教授、副教授近200人，硕士、博士研究生导师170余人。先后承担国家、军队各类科研项目2200余项，200余项成果获国家和军队科技进步奖。近年来，获得国家级教学成果6项、军队级教学成果39项。
学院现有实验室35个，实验分室200余个，拥有军事航海和海洋测绘工程2个军队重点实验室。建有设施完善、功能齐全的训练场地体系，水面舰艇损管训练场、核生化防护综合训练场等场馆训练条件位于全军前列。现有图书馆2个、数据中心1个、海军院校实习图库1个，构建资源集中、应用广泛的公共服务体系。拥有大型训练模拟器材近百套，教学装（设）备上千台套，主训教学装备与部队主战装备同步。
学院拥有全军院校唯一的训练舰支队，辖有舰艇、舢舨、帆船等各类舰船数十艘，郑和舰、邓世昌舰、戚继光舰等远洋训练舰常年保障学员远航训练和实习出访，先后出访美国、俄罗斯、澳大利亚、新西兰、日本、韩国等几十个国家。2012年，郑和舰圆满完成“和谐使命环球行”重大任务，荣立一等功。2015年，郑和舰被海军授予“功勋训练舰”荣誉称号。2017年2月，国产最新型万吨远洋训练舰戚继光舰正式入列我院。2019年4月，戚继光舰圆满执行海军成立70周年多国海军活动任务。
经过70多年的积淀发展，学院孕育形成了以献身、严格、图强、求实“一海校精神”为内核的校风传统，先后被评为全国党的建设和思想政治工作先进单位、全军优秀教学训练单位、全军科学发展观教学先进院校、全军管理教育先进单位。涌现出荣获毛泽东勋章的孤胆英雄卜凤刚，全国学雷锋标兵刘德全，“忠诚党的创新理论的模范教员”方永刚，中国工程院院士赵晓哲，第五届全国道德模范官东等英模人物和先进群体。
近年来，学院多次执行党和军队赋予的重大任务。2008年，由1030名学员组成的仪式标兵队出色完成北京奥运会开闭幕式仪式组织和表演任务，被党中央、国务院表彰为“援奥先进集体”。由我院学员组成的阅兵方队参加了开国大典至今的14次国庆阅兵，每次都受到中央军委的通令嘉奖。2015年9月3日，学院100名学员加入解放军合唱团，第15次亮相共和国大阅兵，再次荣获军委通令嘉奖。
新时代要有新气象新作为。站在新的历史起点上，大连舰院将坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻习近平强军思想，深入贯彻新时代军事教育方针，抢抓机遇、凝心聚力、攻坚克难、锐意进取、扎实工作、乘势而上，向着全面建设世界一流海军院校的目标奋勇前进，激情满怀地朝着新时代的壮美征程解缆启航、破浪扬帆！
