香港珠海学院最早为广东省广州市的“私立珠海大学”，创立于1947年，原校址在广州市东山区竹丝岗二马路，由陈济棠将军、陈济棠兄长陈维周、中国文学家黄麟书、广州市长李扬敬将军、尹芳浦及教育家江茂森等广东省籍人士所创办。
1949年，因内地解放而迁到香港，由于香港政府初期只承认其所办理之公营香港大学颁发学位，故私立大专院校受当时香港教育条例所限，故易名为“珠海书院”。早期珠海书院于台湾当局“教育部”以“私立珠海大学”的名义注册，并由台“教育部”颁授学位，其国际认受性与台湾大学学位等同。
1956年，八所私立大学书院倡议合并，除广侨书院、平正会计专科学校、华侨书院、文化书院、光夏书院五书院外，还有香江书院、珠海书院与广大书院。但在谈判期间，后三所包括珠海书院退出，前五所达成合并共识，成立“联大学院”，但教育司署不允，故改名为“联合书院”，成为中文大学最初三所成员书院之一，而珠海书院则继续独立办学。1990年代起，珠海书院开始与海外其他大学合办学位课程。
2004年5月，珠海书院通过了香港学术评审局对七个学位课程的评审，同年7月根据《专上学院条例》以“珠海学院”名义注册，并于同年10月获香港特区行政长官会与行政会议批准，得颁发香港政府认可的学位。2006年，财务金融学、商业资讯和建筑等三项学位课程顺利通过香港学术评审局评审。
2009年6月，香港珠海学院获教育局拨出屯门青山公路土地，占地一点六公顷的前油库，兴建全新校舍。立法会财务委员会已通过给予免息贷款三亿五千万元以供珠海学院兴建新校舍，暂不计算贷款，学院本身已留三至四亿元建校，希望在2012年前，即本港推行大学四年制前竣工，相信亦有助争取正名为大学。
2010年，首次涵盖大学教育资助委员会的“大学配对补助金”。
珠海同时以珠海书院的名义开办中国台湾教育部门认可之学位课程及以珠海学院名义开办香港政府认可学位课程。但中国台湾
学位及台湾侨生先修部课程均已停止收生。随着修读“台湾”学位课程的高年级学生毕业，珠海书院将完成其历史角色。另外，珠海学院则代替珠海书院为珠海大学在香港复校而努力。
2011年5月12日，香港珠海学院于屯门旧咖啡湾的新校舍举行动土仪式。珠海学院新校舍占地约1.6公顷，以双主楼设计，提供图书馆、食堂和演讲厅等设施，可容纳约4000名学生，将于2013年启用，于复名大学之路上迈进重要的一步。
2016年9月，香港珠海学院位于青山湾的新校舍投入使用。
